فاتحان مسلمان پس از تصرف شهرهاي ايران و استقرار در آنها، همان نظام مالياتي ساساني، و نيز ديوان و عاملان محلي ماليات و دبيران را حفظ كردند. زبان ديوان در ابتدا فارسي بود، اما پس از روي كار آمدن حجاج بن يوسف به عربي تبديل شد.

در نخستين دهه‌هاي پس از فتح ايران، تغيير آيين و گرويدن به اسلام در نواحي فتح شده آهنگي كند داشت و در هر ناحيه، به خصوص در مناطق روستايي و به ويژه در غرب ايران، اكثريت ساكنان را زرتشتيان تشكيل مي‌دادند و مسلمانان ( تازه مسلمان و بومي و اعراب) به صورت جوامع پراكنده در ميان اين اكثريت زندگي مي‌كردند. اما رفته رفته بر اثر تماس بيشتر با مسلمانان، به خصوص در مناطق شهري و نيز با گرويدند زمين داران بزرگ يا دهقانان به اسلام براي گريز از پرداخت جزية كشاورزاني كه بر روي زمينهايشان كار مي‌كردند، و همچنين براي رسيدن به موقعيتهاي بهتر اجتماعي و اقتصادي، گرايش به آيين نو سرعت بيشتري يافت. به شهادت اصطخري و مقدسي در روزگار ايشان هنوز اكثريت جمعيت بخش وسيعي از ايران كه فارس ناميده مي‌شد، زرتشتي بودند و هيچ شهر و دياري نبود كه آتشكده‌اي در آن نباشد. رسوم زرتشتيان در شهرها جاري بود و در اعيادشان بازارها را مي‌آراستند. حتي در برخي مناطق همچون طبرستان علاوه بر حضور شمار زيادي زرتشتي، حكومت محلي نيز به دست حاكمان زرتشتي بود كه اسپهبدان ناميده مي‌شدند و اين وضع تا قرن 5ق/ 11م ادامه داشت.

در دوران خلفاي راشدين و بني اميه، گرچه در نقاط مختلف ايران سخت گيريهاي پراكنده‌اي براي تغيير آيين و ويران كردن آتشكده‌ها وجود داشت، با اينهمه، زرتشتيان در آسايش و رفاه نسبي به سر مي‌بردند. حكومت اسلامي براي جامعه زرتشتيان رهبر و سرپرستي را كه در پارس مي‌زيست و در ميان زرتشتيان با لقب «هودينان پشوباي» (پيشواي بهدينان) شناخته مي‌شد، به رسميت مي‌شناخت و مسئوليت اين جامعه رابر عهدة او نهاده بود. در همين دوران گروهي از زرتشتيان به منطقه قهستان در خراسان مهاجرت كرده، در خواف مسكن گزيدند و نزديك به صد سال در آنجا زندگي كردند؛ اما با دشوار شدن شرايط، از آنجا نيز مهاجرت كرده، با خانواده‌هاي خود به بندر هرمز رفتند و پس از 15 سال اقامت در آنجا، سرانجام با حملة سپاهيان ربيع بن زياد به بندر هرمز، از آنجا نيز گريختند، و در نيمة دوم قرن 2ق/ 8م با كشتي به هند رفتند. اين گروه ابتدا در گجرات (در سنجان) و پس از آن در شهرهاي ديگري همچون نوسري ، بمبئي و سورات ساكن شدند ودر طي قرون اقليت پارسيان هند را به وجود آوردند. شرح اين مهاجرت را فردي به نام بهمن كيقباد در رساله‌اي به نام قصة سنجان به نظم درآورده است. پارسيان هند در طول قرنها ارتباط خود را با زرتشتيان ساكن سرزمين مادري قطع نكردند و در نامه‌هايي كه مي‌نوشتند، سؤالات ديني خود را مطرح مي‌نمودند و جواب دريافت مي‌داشتند. اين پرسشها و پاسخها در دو كتاب به نام روايت داراب هرمزديار و روايت هرمزديار فرامرز گردآوري شده است.

در ابتداي دورة عباسيان به ويژه در دوران خلافت مأمون، جامعة زرتشتي نيروي تازه‌اي گرفت و با شركت در مباحثات و گفت و گوهاي ديني و كلامي- كه غالبا در حضور مأمون صورت مي‌گرفت- اصول و مبادي مزداپرستي بيش از پيش مطرح مي‌شد. در اين دوران، يعني در فاصلة قرنهاي 3-4ق/ 9-10م ، كتابهاي مهمي همچون دينكرت، بندهشن، گزيده‌هاي زادسپرم، آثار منوشچهر (نامه‌ها و دادستان دينيك)، ماتيكان گجستك اباليش و به ويژه شكندگمانيك ويجار، توسط متفكران زرتشتي نوشته شد. همچنين در اين دوره شخصيتهاي علمي برجسته‌اي همچون آتور فرنبغ فرخزادان، منوشچهر گشن جم، اميد آشه و هيشتان، آتورپات ايميدان (اميدان) و مردان فرخ اهرمزد دادان نيز به ظهور رسيدند. افزون بر آن، شماري از زرتشتيان كه بعضي از آنان بعدا مسلمان شدند و يا مسلماناني كه از خانواده‌هاي زرتشتي برخاسته بودند نيز از چهره‌هاي علمي مشهور دوران عباسيانند. از ميان اين گروه مي‌توان به نوبخت و پسرش ، نيز اين مقفع و علي بن عباس مجوسي اشاره كرد.

در آغاز خلافت عباسيان، جريان فكري خاصي توسط شخصي به نام «بهافريد ماه فرودين» در خراسان ايجاد گرديد كه آثار آن تا دهها سال پس از او در آن حوالي باقي ماند. بهافريد كوشيده بود تا با تغييراتي در دين زرتشتي را به خشم آورد و آنان از وي نزد ابومسلم شكايت بردند. ابومسلم وي را دستگير كرد و فرمان به قتلش داد.

در همين دوران قيامهاي پراكنده‌اي به رهبري ايرانياني همچون سنباد، استاد سيس، بابك و مازيار نيز به وقوع پيوست كه زرتشتيان در آنها سهم عمده‌اي داشتند و بقاياي جريان فكري بهافريد نيز در آنها مشهود بود در اواخر خلافت عباسيان سختگيري بر جوامع اهل ذمه از جمله زرتشتيان افزايش يافت و وضع قوانين مختلف- از جمله به ارث رسيدن دارايي پدر زرتشتي به فرزندي كه مسلمان شده بود- باعث فقر و تنگدستي روزافزون اين جامعه مي‌شد.

از اوضاع اجتماعي زرتشتيان تحت حكومت غزنويان و سلجوقيان اطلاع چنداني در دست نيست و چنين به نظر مي‌رسد كه تاريخ نويسان به سبب كوچكي جامعة زرتشتيان و دور بودن آنان از جريانهاي سياسي در آن روزگار به آنان توجهي نداشته‌اند. در دوران حملات مغول و پس از از آن در زمان تيمور و جانشينانش نيز زرتشتيان با همان كشتارها و مصائبي كه دامنگير همه مردم ايران بود، دست به گريبان بودند. ظاهرا در چنين اوضاعي بود كه جمع باقي مانده در فارس همراه با موبدان موبد و گروهي از بزرگان ديني خود به نقطه‌اي دور افتاده و كوهستاني در شمال يزد كوچيدند و در دو روستاي شريف‌آباد و ترك‌آباد ساكن شدند تا از دسترس مهاجمان دور باشند. به اين ترتيب، مركزيت ديني زرتشتي از فارس به يزد و كرمان -كه جمعي از زرتشتيان در آن ساكن بودند- انتقال يافت و زرتشتيان پس از آن همواره در آن نواحي اقامت داشته‌اند.

در عصر صفويه، شاه عباس اول براي استفاده از نيروي كار ارزان قيمت زرتشتيان شماري از آنان را از يزد و كرمان به اصفهان منتقل كرد و در محلة گبرآباد اين شهر مسكن داد. وصف اين محله و مردمانش و زندگي نسبتا آرام و آسودة آنان در سفرنامه‌هاي اروپايياني همچون شاردن و دلاواله آمده است.

با روي كار آمدن جانشينان شاه عباس سختگيريها نسبت به زرتشتيان به تدريج افزايش يافت و كار به آنجا رسيد كه شاه سلطان حسين در ضمن فرماني دستور داد كه همه زرتشتيان دين خود را ترك گفته، مسلمان شوند. پس از صدور اين فرمان، بسياري از زرتشتيان اصفهان كه از آن سرباز زده بودند، از دم تيغ گذشتند و عده‌اي نيز به يزد گريختند. پس از اين واقعه، نوبت به افغانها رسيد كه در طي حملات خود به كرمان، كبر محله را كه در بيرون حصار شهر واقع بود، ويران ساختند و زرتشتيان ساكن آن را قتل عام كردند. اما با ظهور كريمخان زند و كاهش بار جزية زرتشتيان كرمان- كه تا آن زمان همچنان مجبور به پرداخت جزية مقتولان حملة افغانها بودند- اين مردم چند سالي را در آرامش گذراندند.

پس از زنديه و در عصر قاجاريه، جمعيت زرتشتيان ايران به سبب سختگيريها، آزارها و فشارهاي اقتصادي، به پايين‌ترين حد خود رسيد. در همين زمان بود كه پارسيان هند براي كمك به هم دينان خود در ايران و بهبود وضع آنان فردي به نام مانكجي ليمجي هاتريا را به عنوان نماينده به ايران فرستادند. وي با كوششي خستگي ناپذير و اعطاي هداياي بسيار، در طي چند دوره مذاكره سرانجام در 1231ش/ 1852 م موفق به كسب موافقت ناصرالدين شده براي برداشتن جزيه و تأسيس مدرسه و آموزشگاه و اعطاي آزادي‌هاي ديگر براي زرتشتيان ايران گرديد. مانكجي همچنين انجمني به نام «انجمن ناصري زرتشتيان» ابتدا در يزد و سپس در كرمان ايجاد كرد كه رسيدگي به امور زرتشتيان و دادخواهي آنان را بر عهده داشت. با چنين تحولي شرايط زندگي زرتشتيان ايران اندك اندك رو به بهبود گذاشت و اين جامعه توانست پاره‌اي از عقب ماندگيهاي گذشته را جبران كند.